Harald Genzmer wurde am 9.2.1909 in Blumenthal bei Bremen geboren. 1928 begann er, an der Berliner Hochschule für Musik bei Paul Hindemith Komposition (bis 1934) und bei Rudolf Schmidt Klavier zu studieren, außerdem hörte er Vorlesungen des Musikwissenschaftlers Curt Sachs. Von 1934 bis 1937 arbeitete er als Korrepetitor, später als Studienleiter an der Breslauer Oper. Ab 1938 unterrichtete er an der Volksmusikschule Berlin-Neukölln, wo früher auch Hindemith gewirkt hatte. In den 40er Jahren experimentierte er mit elektronischen Instrumenten und befasste sich speziell mit dem von Friedrich Trautwein erfundenen "Trautonium".
1946 wurde er zunächst als Professor für Komposition und stellvertretender Direktor an die neue Freiburger Musikhochschule, 1957 dann an die Hochschule für Musik München berufen, wo er bis zu seiner Emeritierung 1974 wirkte.
Harald Genzmer starb am 16. Dezember 2007 in München.