Wolfgang Fortner wurde am 12. Oktober 1907 in Leipzig geboren. 1927 begann Fortner sein Studium am Konservatorium der Stadt Leipzig in den Fächern Komposition bei Hermann Grabner und Orgel bei Karl Straube. Gleichzeitig studierte er Musikwissenschaft bei Theodor Kroyer sowie Philosophie und Germanistik an der Universität Leipzig. 1931 wurde Fortner Dozent für Komposition und Musiktheorie am Evangelischen Kirchenmusikalischen Institut in Heidelberg, an dem er mit Unterbrechungen bis 1954 unterrichtete.
Im Jahr 1935 rief Fortner das Heidelberger Kammerorchester ins Leben und installierte 1947 in Zusammenarbeit mit dem Süddeutschen Rundfunk in Heidelberg die Konzertreihe musica viva. Als Nachfolger von Karl Amadeus Hartmann übernahm er 1964 die Leitung der musica viva-Konzerte des Bayerischen Rundfunks in München und betreute diese Konzertreihe zusammen mit Ernst Thomas bis zum Jahr 1978.
Wolfgang Fortner starb am 5. September 1987 in Heidelberg.