Johann Ernst Eberlin war ein deutscher Komponist und Organist des Barockzeitalters. Er wurde am 9. Juni 1702 in Jettingen, einem Ort im heutigen Bayern, geboren.
Eberlin erhielt früh musikalische Ausbildung und zeigte bereits als Kind außergewöhnliche musikalische Begabung. Er studierte Musik am Jesuitenkolleg in Ingolstadt und später am Benediktinerstift in Salzburg. Dort wurde er ein herausragender Organist und Komponist.
Ab 1725 war Eberlin als Organist an der Kirche St. Peter in Salzburg tätig, wo er seine Karriere als Musiker weiter ausbaute und bald einen ausgezeichneten Ruf erlangte. Er war auch als Musiklehrer tätig und bildete viele Schüler in Musiktheorie und Komposition aus.

Eberlin komponierte eine Vielzahl von Werken, darunter Orgelmusik, Chorwerke, Kantaten und Instrumentalmusik. Seine Musik war stark vom barocken Stil geprägt und zeichnete sich durch eine elegante Melodieführung und kraftvolle Harmonien aus.

Johann Ernst Eberlin verstarb am 6. Dezember 1762 in Salzburg, Österreich.